“It’s not” или “it isn’t”? Что лучше?

Абсолютно правильны и равноправны обе формы, но чисто статистически форма it’s not более употребительна, например:

It’s not what I want to know – Это не то, что я хочу знать (статистически более употребительный ва­ри­ант)

It isn’t what I want to know – Это не то, что я хочу знать (статистически менее употребительный ва­ри­ант)

Но если подлежащим является не местоимение, а существительное, то абсолютно нормально употреблять форму isn’t, например:

This story isn’t what I want to know – Эта история не то, что я хочу знать

Более подробное объяснение см. здесь.

См. также “He’s not” или “he isn’t”?, “She’s not” или “she isn’t”?, “We’re not” или “we aren’t”?, “You’re not” или “you aren’t”?, “They’re not” или “they aren’t”?